Zarządzeniem ministra finansów z dnia 30 listopada 1994 r. w sprawie wprowadzenia obowiązku stosowania marż urzędowych oraz określenia zasad stosowania cen w obrocie importowanymi lekami gotowymi, surowicami i szczepionkami (MP nr 64, poz. 5710) oraz późniejszym rozporządzeniem ministra finansów w sprawie ustalenia cen urzędowych leków gotowych, surowic i szczepionek produkcji krajowej wprowadzono w Polsce tak zwany system marż degresywnych. Treść rozporządzenia, a szczególnie ustalone progi marżowe i sposób liczenia marży były dużo mniej korzystne od poprzednio obowiązujących. Jak wykazały badania obejmujące 10% ogółu aptek, prowadzone przez Naczelną Izbę Aptekarską, średnia marża apteczna zmalała o 5%. Stanowi to bardzo poważne zagrożenie dla sytuacji ekonomicznej około 50% aptek, szczególnie w małych miejscowościach i dzielnicach peryferyjnych. System marż degresywnych wprowadzono, ignorując zupełnie opinie samorządu aptekarskiego. Nie uwzględniono jakiegokolwiek mechanizmu rewaloryzacji progów marżowych proporcjonalnie do inflacji. W 1997 r. progi zrewaloryzowano o 7,6% w stosunku do poziomu z 1994 r., gdy tymczasem oficjalny wskaźnik inflacji w 1995 r. wynosił 27,8%, a w 1996 r. - 19,9%. Powoduje to rozwarcie nożyc pomiędzy wzrostem kosztów utrzymania aptek a poziomem marży. Przez dłuższy czas takiego "systemu" ekonomicznego nie wytrzyma żaden podmiot gospodarczy. W obecnym systemie marża stanowi różnicę między ceną hurtową zakupu, zawierającą w sobie podatek od towarów i usług, a ceną zbytu powiększoną o należny podatek. Taki sposób liczenia marży okazał się pułapką dla aptek w wypadku podwyższenia obowiązującej stawki VAT na leki.

Przy wprowadzeniu od 1 stycznia 1998 r. stawki VAT w wysokości 2% apteki poniosły wielomilionowe straty finansowe. Zgodnie z cytowanym powyżej rozporządzeniem ministra finansów podwyższenie stawki VAT obniżyło o 2% marże na leki zakupione przed 1 stycznia 1998 r. Zgodnie z ustawą o podatku od towarów i usług w następnych latach nastąpi dalsze podniesienie stawki podatku na leki i co za tym idzie - kolejne straty dla aptek. Doprowadzi to do sytuacji, że jeśli apteka nie zdąży wyprzedać całego zapasu leków zakupionych przed podwyżką stawki VAT, po kolejnej podwyżce nie tylko nie uzyska żadnej marży, ale nie otrzyma nawet zwrotu sumy, jaką zapłaciła za ten lek hurtowni. Jest to chyba jedyny na świecie wypadek urzędowej marży ujemnej dla samodzielnych podmiotów gospodarczych nie objętych systemem dotacji rządowych. Sprawa jest tym bardziej skomplikowana, że Ministerstwo Finansów nie zamierza, jak dotąd, skorygować błędnych zapisów rozporządzenia i uparcie ignoruje stanowisko samorządu aptekarskiego w tej sprawie