W okresie 1999-2003 doszło do stopniowego zmniejszenia przychodów medycznych jednostek badawczo-rozwojowych, ponieważ kasy chorych oferując standardowe ceny za poszczególne świadczenia, zawierały kontrakty z instytutami nie biorąc pod uwagę ich statusu, wynikającego z nałożonych zadań i III stopnia referencyjności. Mimo zmian systemowych, polegających na likwidacji kas chorych i utworzeniu Narodowego Funduszu Zdrowia ta sytuacja nie uległa zmianie. Dodatkowo wobec niedoszacowania procedur wysokospecjalistycznych finansowanych z budżetu państwa zagrożone jest prawidłowe prowadzenie przez instytuty działalności na rzecz kreowania strategii zdrowotnych, prowadzenia badań naukowych, prac badawczo-rozwojowych, wdrażania i oceny nowych technologii, a także upowszechniania wytycznych klinicznych i kształcenia kadry medycznej.

W oparciu o te informacje i opinie komisja stwierdza, że opóźnienia wdrażania ustawy o powszechnym ubezpieczeniu w Narodowym Funduszu Zdrowia z przyczyn organizacyjnych pogorszyły ekonomiczne warunki klinicznej działalności instytutów. Podstawowym problemem jest niekontrolowana zgłaszalność pacjentów nie wymagających leczenia w wysokospecjalistycznych ośrodkach po likwidacji promes, które obowiązywały w kasach chorych oraz zaniżone stawki za procedury medyczne po zniesieniu referencyjności zakładów opieki zdrowotnej.

Jesteśmy zaniepokojeni faktem, że niedostateczna ilość środków ze wszystkich źródeł zasilania ekonomicznego ze szczególnym uwzględnieniem Komitetu Badań Naukowych w sposób drastyczny ogranicza działalność naukową instytutów oraz, że Ministerstwo Zdrowia w niedostatecznym zakresie wykorzystuje potencjał i doświadczenia instytutów w obszarze ustalania standardów medycznych i kreowania polityki zdrowotnej w naszym kraju.

Jesteśmy poinformowani, że kasy chorych przed 1 kwietnia 2003 roku wykorzystały wszystkie środki na pokrycie kosztów leczenia w instytutach pacjentów skierowanych na podstawie promes. Ponieważ środki te nie pokryły kosztów leczenia wszystkich pacjentów korzystających z promes, zwracamy się do Ministerstwa Zdrowia i Ministerstwa Finansów o podjęcie wszelkich możliwych działań zmierzających do ostatecznego uregulowania istniejących zaległości.