W ramach programu pilotażowego szpital został z dniem 1 lipca 1996 r. przekształcony w placówkę samodzielną, finansującą swoją działalność z uzyskiwanych przychodów. Do końca 1998 r. głównym źródłem finansowania była dotacja z urzędu wojewódzkiego, a od 1999 r., zgodnie z wdrożoną reformą, szpital utrzymuje się głównie z kontraktów podpisanych z Warmińsko-Mazurską Regionalną Kasą Chorych.

Organem założycielskim dla SP ZOZ jest powiat olecki, wcześniej był nim powiat olecko-gołdapski, który po powstaniu, na mocy przepisów prawa, przejął w dniu 1 kwietnia 2000 r. wojewódzką inwestycję dotyczącą budowy szpitala rejonowego w Olecku o wartości kosztorysowej wynoszącej około 51 milionów zł. W opinii rzeczoznawców stan ówczesnych prac budowlanych, bez wyposażenia i prac instalacyjno-montażowych, zaawansowany był w 85%.

Realizacja tego projektu napotykała jednak duże trudności, głównie natury finansowej: inwestycja nie została ujęta w budżecie centralnym, zaś poprzedni inwestor, wojewoda suwalski, nie zaplanował na 1999 r. przydziału żadnych funduszy. Wprawdzie regionalny komitet sterujący podczas opracowywania w 2000 r. programu restrukturyzacji w ochronie zdrowia dla województwa warmińsko-mazurskiego przydzielił dotację w wysokości 3 milionów zł - do uruchomienia w roku 2001 - na kontynuację budowy szpitala w Olecku, ale z różnych przyczyn została ona okrojona do kwoty 385 tysięcy zł.

Powiat olecki próbował ratować szpital, znajdujący się w trudnej sytuacji, przez zaciągnięcie kredytu długoterminowego w kwocie 2 milionów zł przeznaczonego na kontynuację prac budowlanych. Kredyt ten, jak również dotacje w różnej formie, głównie z programu restrukturyzacji, pozwoliły na uruchomienie w ciągu niespełna roku czterech oddziałów w nowym szpitalu. W szpitalu działa również pogotowie, uruchomiono zaplecze diagnostyczne. W chwili obecnej szpital dysponuje stu czternastoma łóżkami na sto pięćdziesiąt jeden docelowych.

Łączne wydatki przeznaczone na ochronę zdrowia poniesione przez powiat olecki to 7 milionów 295 tysięcy 107 zł, w tym na budowę szpitala 5 milionów 285 tysięcy 461 zł. Możliwości finansowania inwestycji powiatu oleckiego ze środków własnych skończyły się, ponieważ rozpoczął się okres spłaty kredytów. Tymczasem zarząd województwa przy tworzeniu kontraktu dla województwa w 2001 r. stwierdził, że wniosek szpitala nie może uzyskać akceptacji, ponieważ inwestycja jest już rozpoczęta.

SP ZOZ w Olecku postawił sobie za cel dokończenie w 2003 r. prac budowlanych na czwartym piętrze, przeznaczonym na blok operacyjny, oraz na piątym piętrze, niskim parterze i w piwnicach, przeznaczonych na urządzenia wentylacyjno-klimatyzacyjne i sterylizatornię. Na prace wykończeniowo-budowlane na czwartym i piątym piętrach oraz niskim parterze i w piwnicach powiat potrzebuje 7 milionów 200 tysięcy zł, zaś do zakończenia całości inwestycji brakuje 20 milionów zł. Od kwietnia 2003 r. SP ZOZ w Olecku planuje poszerzyć działalność o ortopedię, stację dializ, a także w miarę możliwości podjąć próbę utworzenia szpitalnego oddziału ratunkowego.

24 lutego 2003 r. szpital wizytowali: pan profesor doktor Andrzej Kosiniak-Kamysz, wiceminister zdrowia, zastępca dyrektora do spraw medycznych Warmińsko-Mazurskiej Regionalnej Kasy Chorych, pan Andrzej Zakrzewski, oraz wicemarszałek województwa, pan Adam Filipowicz. Wszyscy wydali bardzo pozytywną opinię, zaś pan minister obiecał dołożyć wszelkich starań, aby szpital znalazł się w sieci krajowej.