Pomimo licznych rozmów i negocjacji dyrekcji szpitala z przedstawicielami kasy chorych ciągle brakuje ze strony kasy zgody na zapłatę za wykonane usługi, co powoduje złą sytuację finansową szpitala, która utrudnia jego prawidłowe funkcjonowanie. Przedstawiciele Branżowej Kasy Chorych dla Służb Mundurowych nie mają żadnych uwag dotyczących zasadności wykonanych świadczeń, ale zasłaniają się brakiem środków. Wiadomo jednak, że centrala BKChdSM ma środki na pokrycie zaległych świadczeń medycznych - z tych środków część szpitali otrzymywała zapłatę na bieżąco w latach ubiegłych.

Ciążące na 5. Wojskowym Szpitalu Klinicznym z Polikliniką zobowiązania wobec Zakładu Ubezpieczeń Społecznych i Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych z tytułu realizacji zapisów ustawy o restrukturyzacji należności publicznoprawnych, których termin zapłaty upływa z końcem marca bieżącego roku, zmuszają dyrekcję szpitala do podjęcia energicznych działań zmierzających do terminowego rozliczenia.