Wystąpienie pokontrolne Najwyższej Izby Kontroli ujawniło, iż uczelnia niedostatecznie nadzorowała rozliczenia kosztów usług zewnętrznych. Zleciła z wolnej ręki Fundacji Ekonomistów Środowiska i Zasobów Naturalnych zorganizowanie dwóch konferencji za 61 tysięcy zł. Fundację wskazał profesor Tadeusz Wrzosek, kierownik projektu "Euroregion Niemen", a jednocześnie członek rady tejże fundacji. Z tytułu honorariów za konferencję wypłacono 26 tysięcy zł dla trzech osób realizujących projekt. Kontrolerzy NIK ustalili też, że na przykład Politechnika Białostocka zapłaciła fundacji za wynajęcie sali na seminarium, choć odbywało się ono w pomieszczeniach uczelni.

Najbardziej zaskakująca jest jednak ocena pracy białostockich naukowców, którą to ocenę przeprowadził Komitet Badań Naukowych. Według KBN w ogóle nie powinno było dojść do podpisania umowy z wojewodą suwalskim, gdyż w tym czasie, rok 1998, planowano już reformę samorządową, która zakładała likwidację województwa suwalskiego. Program zatem powstawał dla województwa, które przestało istnieć. Reforma samorządowa przeniosła też kompetencje dotyczące euroregionów do administracji samorządowej. Według ekspertyzy KBN jakość raportu końcowego "Euroregion Niemen" jest słaba. W opinii zarzucano też, że powiela on już istniejące opracowania, a nawet powtarza te same treści w różnych rozdziałach. Co więcej - w sensie praktycznego wykorzystania praca będzie miała charakter raczej archiwalny.

Z wyrazami szacunku
Senator Rzeczypospolitej Polskiej
Sergiusz Plewa