W okresie przedakcesyjnym, jak również po wejściu Polski do Unii Europejskiej, istotne jest, aby w Inspekcji Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych przepływ informacji, opracowywanie procedur i wytycznych, a przede wszystkim wdrażanie ich w życie odbywało się w sposób najbardziej sprawny i skuteczny. W przypadku istnienia podwójnej podległości znacznie utrudnione jest nowoczesne i skuteczne zarządzanie inspekcją. Spójność i efektywność działania możliwa jest jedynie po odłączeniu jej od administracji zespolonej. Podporządkowanie działalności inspekcji wyłącznie głównemu inspektorowi usprawniłoby realizację zadań ustawowych oraz pozwoliło na racjonalne dysponowanie środkami finansowymi oraz zasobami ludzkimi, czyli przemieszczanie ludzi w zależności od obciążenia pracą oraz oszczędności w funkcjonowaniu inspekcji - jedna księgowość, jedna administracja, to jest dostosowanie budżetu danego inspektoratu wojewódzkiego do zadań nakładanych przez głównego inspektora.

Zmiany w art. 18 pkt 2, art. 19 ust. 4 i ust. 5, art. 20 ust. 6 oraz dodanie ust. 7 w art. 20 - wszystko to jest konieczne, gdyż bardzo ważnym elementem działalności inspekcji będzie wykonywanie zadań delegowanych na rzecz Agencji Rynku Rolnego. ARR będzie delegować zadania służb technicznych do dwóch instytucji: IJHARS i służb celnych. Rozporządzenie Unii Europejskiej 1663/95 reguluje sprawy delegowania zadań ze szczególnym uwzględnieniem procesu zapewnienia jednolitości. Komisja Europejska, opierając się na regulacjach tego rozporządzenia, preferuje scentralizowane struktury organizacyjne agencji płatniczej, bo mają one gwarantować sprawny przepływ informacji pomiędzy komórkami operacyjnymi odpowiedzialnymi za realizację mechanizmów WPR.

Zapewnienie jednolitości dotyczy również służb technicznych realizujących kontrole techniczne. Agencja płatnicza przejmuje pełną odpowiedzialność za wszystkie działania towarzyszące, niezależnie od tego, czy realizuje je we własnym zakresie, czy też wykonują je instytucje, którym te działania delegowała, przy czym akredytację otrzymuje agencja wykonująca płatność, a inspekcja, której zostały delegowane zadania, musi spełniać te same wymagania, łącznie z obowiązkiem poddania się audytowi zewnętrznemu. W świetle tego scentralizowana koncepcja zarządzania inspekcją wynika z potrzeb takich jak: utrzymanie elastyczności struktur, utrzymanie niezależności, zapewnienie jednolitości realizacji procedur i instrukcji biurowych na stanowiskach pracy, szybszy przepływ informacji i dokumentacji, szybsze wykrywanie ewentualnych nieprawidłowości i ich korekta.

Następnym argumentem przemawiającym za wyłączeniem inspekcji z administracji zespolonej jest nadzór nad klasyfikacją tusz zwierząt rzeźnych. Podstawą do skupu interwencyjnego na rynku mięsa jest prawidłowo przeprowadzona klasyfikacja tusz, a w ślad za nią proces kontroli klasyfikacji. Bez zapewnienia prawidłowości powyższych procesów nie będzie możliwy także eksport mięsa do krajów unijnych.

Zasadą obowiązującą w Unii Europejskiej jest to, że służby kontrolne mają cechować się co najmniej takim samym poziomem merytorycznym jak kontrolowani, stąd wymóg, by inspektorzy prowadzący nadzór nad klasyfikacją mieli codziennie możliwość kontaktu z procesem klasyfikacji w rzeźniach poprzez prowadzone kontrole. Rozporządzenie Unii Europejskiej określa także częstotliwość tych kontroli w określonych rzeźniach. Ponieważ w województwie znajdują się średnio cztery rzeźnie wołowe - siedemdziesiąt w całym kraju - a wojewódzkich inspektorów obowiązuje właściwość miejscowa, która uniemożliwia prowadzenie kontroli w innych województwach, inspekcja musiałaby utworzyć co najmniej szesnaście stanowisk do nadzoru klasyfikacji. Z uwagi na małą liczbę rzeźni, by w pełni wykorzystać czas pracy inspektorów i aby mieli oni stały kontakt z procesem klasyfikacji, musieliby przeprowadzać kontrole w danej rzeźni średnio raz w tygodniu.

Z drugiej strony jest to marnotrawstwo czynnika ludzkiego, gdyż przepisy unijne nie wymagają tak częstych kontroli. Jednocześnie zastosowanie częstotliwości kontroli przewidzianych rozporządzeniami unijnymi spowodowałoby, że inspektorzy byliby obciążeni pracą w około 30%, co z kolei nie gwarantuje właściwej fachowości inspektorów. Rozsądnym rozwiązaniem byłoby podporządkowanie każdemu inspektorowi kilku lub kilkunastu rzeźni tak, by rozkład jego pracy był optymalny.