Problem odpowiedzialności przed Trybunałem Stanu Trybunał Konstytucyjny rozważał w kontekście przepisów intertemporalnych. Przypomniał, że art. 33b ust. 2 poprzednio obowiązującej Konstytucji określał, że Trybunał Stanu może orzekać o odpowiedzialności karnej osób pociągniętych do odpowiedzialności konstytucyjnej za przestępstwa popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem.

Redakcja poprzednio obowiązującego art. 33b ust. 2 Konstytucji różni się od literalnego brzmienia obecnie obowiązującego art. 156 ust. 1 Konstytucji, który stanowi, że członkowie Rady Ministrów ponoszą odpowiedzialność przed Trybunałem Stanu za naruszenie Konstytucji lub ustaw, a także za przestępstwo popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem.

Odpowiedzialność karna, według Trybunału, we wszystkich fazach postępowania, należy, co do zasady, do domeny wymiaru sprawiedliwości. Sprawowany jest on - jak stanowi art. 175 ust. 1 Konstytucji - przez sądy. Do sądów zaś Konstytucja zalicza: Sąd Najwyższy, sądy powszechne, sądy administracyjne oraz sądy wojskowe (art. 175). Systematyka rozdziału VIII Konstytucji nie pozostawia zatem wątpliwości co do tego, że do kategorii sądów nie został zaliczony ani Trybunał Konstytucyjny ani Trybunał Stanu. Sądy bowiem wymienione zostały oddzielnie, w podrozdziale zatytułowanym "Sądy" (art. 175 i nast. Konstytucji), Trybunał Stanu zaś znalazł się poza tą kategorią w odrębnym podrozdziale (art. 198 i następne Konstytucji). O różnej pozycji ustrojowej sądów oraz Trybunału Stanu przesądza zatem zarówno systematyka rozdziału VIII, jak jego tytuł oraz poszczególne podtytuły.

Od zasady, że wymiar sprawiedliwości sprawowany jest przez sądy, a sądy powszechne w szczególności (art. 177), Konstytucja, zdaniem Trybunału, wprowadziła dwa wyjątki.

Pierwszy określony został treścią art. 145 ust. 1, który stanowi, że Prezydent RP za naruszenie Konstytucji, ustawy lub za popełnienie przestępstwa może być pociągnięty do odpowiedzialności przed Trybunałem Stanu. Użycie funktora "lub" w redakcji tego przepisu, właściwego dla alternatywy zwykłej, oznacza, że Prezydent odpowiada przed Trybunałem Stanu bądź konstytucyjnie i za przestępstwo łącznie, bądź też tylko konstytucyjnie albo tylko za przestępstwo. Innymi słowy, Prezydent nie może być pociągnięty do odpowiedzialności za przestępstwo przed sądami powszechnymi. Trybunał odnotował, że w nauce formułowany jest dla tego przypadku pogląd o wyłącznej i zupełnej właściwości Trybunału Stanu w odniesieniu do Prezydenta.

Odpowiedzialność Prezydenta przed Trybunałem Stanu jest zupełna, ponieważ obejmuje wszystkie przestępstwa, których dopuścił się w okresie sprawowania urzędu, a nie tylko te, które zostały popełnione w związku ze sprawowaniem tego urzędu i jest zarazem wyłączna, ponieważ za popełnienie przestępstwa może on być również pociągnięty do odpowiedzialności wyłącznie przed Trybunałem Stanu.

Ta szczególna kognicja Trybunału Stanu w stosunku do osoby Prezydenta jest wyrazem szczególnej pozycji ustrojowej Prezydenta jako najwyższego przedstawiciela Rzeczypospolitej Polskiej i tym samym pierwszej osoby w państwie. Stąd przysługujący mu formalny immunitet całkowity.

Drugi wyjątek przewidziany został w przepisie art. 156 ust. 1 Konstytucji, o następującym brzmieniu: "Członkowie Rady Ministrów ponoszą odpowiedzialność przed Trybunałem Stanu za naruszenie Konstytucji lub ustaw, a także za przestępstwo popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem". Posłużenie się w tym przypadku funktorem "a także", a nie łącznikiem "lub", jak w przypadku redakcji art. 145 ust. 1, prowadzi do wniosku, że pociągnięcie do odpowiedzialności za przestępstwo przed Trybunałem Stanu członka Rady Ministrów warunkowane jest uprzednim bądź jednoczesnym postawieniem mu zarzutu popełnienia deliktu konstytucyjnego. W odniesieniu do tej kategorii osób przyjęło się mówić o częściowej i konkurencyjnej właściwości Trybunału Stanu w sprawach o przestępstwo.

Trybunał uznał, że nie każde przestępstwo popełnione przez członka Rady Ministrów może stać się przedmiotem rozpoznania przez Trybunał Stanu, ale tylko takie, które zostało popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem (stąd kompetencja częściowa). Koniecznym warunkiem odpowiedzialności członka Rady Ministrów za przestępstwo przed Trybunałem Stanu jest podjęcie przez Sejm uchwały o pociągnięciu go do tej odpowiedzialności, w trybie określonym w art. 156 ust. 2 Konstytucji (stąd właściwość konkurencyjna). Wyraźna dystynkcja w zakresie odpowiedzialności Prezydenta i członka Rady Ministrów za przestępstwo jest konsekwencją innego usytuowania członków Rady Ministrów w państwie, nieporównywalnego do pozycji Prezydenta. Stąd inne też przesłanki i tryb postawienia Prezydenta w stan oskarżenia za popełnienie przestępstwa. Różnice te, wynikające z zasadniczo odmiennych pozycji ustrojowych głowy państwa i członka rady Ministrów, nie mogą pozostać obojętne dla kierunków wykładni art. 156 Konstytucji.

Taki rodzaj relacji pomiędzy odpowiedzialnością konstytucyjną a odpowiedzialnością za przestępstwo członka Rady Ministrów uzasadnia tezę o akcesoryjnym charakterze postępowania przed Trybunałem Stanu w sprawie o przestępstwo, w stosunku do postępowania mającego za przedmiot delikt konstytucyjny.

Trybunał Konstytucyjny uznał, że Trybunał Stanu staje się organem (sądem) sprawującym wymiar sprawiedliwości dopiero po podjęciu przez Sejm uchwały o pociągnięciu członka Rady Ministrów do odpowiedzialności konstytucyjnej z jednoczesnym pociągnięciem go do odpowiedzialności za przestępstwo. Na tle tego ujęcia kognicja Trybunału Stanu w odniesieniu do członka Rady Ministrów nie jest ani wyłączna ani automatyczna.

W ocenie Trybunału Konstytucyjnego gdyby ustrojodawca chciał uczynić Trybunał Stanu sądem specjalnym dla członków Rady Ministrów, redakcja art. 156 ust. 1 Konstytucji powinna mieć analogiczną konstrukcję jak w art. 145 ust. 1, który ustanawia Trybunał Stanu swego rodzaju sądem specjalnym wobec Prezydenta. Tego wniosku nie da się jednak poprawnie wyprowadzić z obecnie obowiązujących regulacji konstytucyjnych.

Konfrontacja fundamentalnych zasad konstytucyjnych równości i legalności z treścią art. 156 Konstytucji oraz przepisami ustawy o Trybunale Stanu doprowadziła Trybunał Konstytucyjny do wniosku, że interpretacja wykluczająca całkowicie możliwość odpowiedzialności członków Rady Ministrów przed sądem powszechnym pozostawałaby w zasadniczej kolizji z zasadą równego traktowania i zasadą legalizmu.

Trybunał odnotował też formułowany w doktrynie pogląd, że przyjęcie zasady odpowiedzialności przed Trybunałem Stanu członków Rady Ministrów za wszystkie przestępstwa popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem musiałoby być uznane za przywilej nie znajdujący wystarczającego usprawiedliwienia.

Zdaniem Trybunału obecna treść art. 156 ust. 1 Konstytucji istotnie nakłada na Sejm obowiązek sformułowania wobec członka Rady Ministrów, któremu zarzucono delikt konstytucyjny, także oskarżenia o popełnienie przestępstwa, jeśli są ku temu powody. Sejm nie może dziś - na gruncie nowej Konstytucji - uzależnić łącznego rozpoznania czynów stanowiących delikt konstytucyjny i przestępstwo od swojego uznania, że łączne rozpoznanie tych czynów jest celowe, tak jak to było pod rządami poprzedniej ustawy zasadniczej. Jest to obecnie powinność Sejmu i można nawet mówić o obligatoryjności pociągnięcia członka Rady Ministrów do odpowiedzialności za przestępstwo w przypadku oskarżenia go o delikt konstytucyjny. Nie oznacza to jednak, że sąd powszechny staje się niewłaściwy do rozpoznania sprawy o przestępstwo, z chwilą objęcia czynu samym tylko oskarżeniem o delikt konstytucyjny lub postawienia wniosku wstępnego dla Komisji Odpowiedzialności Konstytucyjnej. Jeśli bowiem z jakichkolwiek powodów Sejm nie wywiązałby się z powinności łącznego rozpoznania odpowiedzialności za delikt konstytucyjny i za przestępstwo, to nadal właściwym do rozpoznania sprawy karnej pozostawałby sąd powszechny. Jego kognicja w tego typu sprawach wygasałaby dopiero po przyjęciu przez Sejm uchwały o pociągnięciu członka Rady Ministrów do odpowiedzialności za przestępstwo przed Trybunałem Stanu, a w pewnych wypadkach musiałaby niejako na powrót "odżyć", jeśliby Trybunał Stanu nie wydał orzeczenia w sprawie o przestępstwo.

Źródłem takiego określenia wzajemnych relacji pomiędzy Sejmem a sądem powszechnym, na tle odpowiedzialności członka Rady Ministrów za delikt konstytucyjny i przestępstwo, jest, zdaniem Trybunału, zasada podziału i równoważenia się władzy ustawodawczej, władzy wykonawczej i władzy sądowniczej, wyrażona w art. 10 Konstytucji. Na zasadzie tej opiera się struktura władzy publicznej w Rzeczypospolitej Polskiej.

Wyrazem zasady podziału i równowagi władz są, poza jednoznaczną treścią art. 10, także postanowienia Konstytucji o roli sądownictwa, a sądownictwa powszechnego w szczególności w odniesieniu do wymiaru sprawiedliwości, zawarte w art. 175 i 177 Konstytucji.

Zasada podziału i równowagi władz oznacza także, jak uważa Trybunał, wzajemną kontrolę działań organów państwa w granicach ich kompetencji oraz realną zdolność wzajemnego hamowania i powściągania się. Skoro więc w art. 177 Konstytucji sformułowano generalną kompetencję sądów do sprawowania wymiaru sprawiedliwości, oznacza to tym samym, że wyjątki od tak ujętej generalnej kompetencji nie mogą być interpretowane rozszerzająco. Jeśli więc z jakichkolwiek przyczyn czyn objęty oskarżeniem o delikt konstytucyjny członka Rady Ministrów nie zostałby objęty w postępowaniu przed Trybunałem Stanu oskarżeniem o popełnienie przestępstwa, to obowiązkiem sądu powszechnego będzie prowadzenie nadal postępowania karnego, w ramach generalnej kompetencji do sprawowania wymiaru sprawiedliwości. W przeciwnym wypadku doszłoby do naruszenia trzech konstytucyjnych zasad: zasady legalizmu (art. 7), zasady równości wszystkich wobec prawa i równego traktowania przez władze publiczne (art. 32) oraz zasady podziału i równoważenia się władz ustawodawczej, wykonawczej i sądowniczej (art. 10 ust. 1).

Zdaniem Trybunału dopóki Sejm nie obejmie oskarżeniem za przestępstwo członka Rady Ministrów, pociągniętego do odpowiedzialności za delikt konstytucyjny, dopóty zachowana jest właściwość sądu powszechnego do prowadzenia postępowania karnego obejmującego taki czyn.

Teza ta pozwoliła Trybunałowi zdecydowanie opowiedzieć się za poglądem, że właściwość sądu powszechnego w sprawie o przestępstwo zachowana jest także wtedy, kiedy przedmiotem postępowania przed Trybunałem Stanu nie stał się delikt konstytucyjny.

Konsekwencją przyjęcia, że właściwość sądu powszechnego w postępowaniu o przestępstwo członków Rady Ministrów trwa tak długo, jak długo Sejm, formułując zarzut popełnienia deliktu konstytucyjnego, nie obejmie oskarżeniem przed Trybunałem Stanu tego czynu, jest - zdaniem Trybunału - konstatacja, że art. 156 ust. 1 Konstytucji nie wprowadził nowych, na tyle istotnych elementów, w porównaniu do poprzednio obowiązującego art. 33b ust. 2 Konstytucji, aby można było zasadnie uznać niezgodność art. 2 ust. 4 ustawy o Trybunale Stanu z obecnie obowiązującym art. 156 ust. 1 Konstytucji, w zakresie określonym w sentencji. Celowe było jednak podkreślenie, dla usunięcia wszelkich wątpliwości interpretacyjnych, że odpowiedzialność przed sądem powszechnym za przestępstwo dopuszczona jest jedynie wtedy, gdy Sejm nie podjął uchwały o pociągnięciu członka Rady Ministrów do odpowiedzialności (wyrok z 21 lutego 2001 r., P.12/00).