Zgodnie z art. 169c ust. 2 wspomnianej ustawy Zakład Ubezpieczeń Społecznych, do dnia 30 czerwca 1999 r. dokona rozdysponowania, pomiędzy Kasy Chorych, środków finansowych pochodzących z pobranych składek na ubezpieczenia zdrowotne, na podstawie planu finansowego sporządzonego przez Pełnomocnika Rządu do Spraw Wprowadzenia Powszechnego Ubezpieczenia Zdrowotnego, tzn. bez konieczności wskazania płatników tych składek. Jest to jednak jedynie mechanizm przejściowy, po upływie wskazanego wyżej terminu, ZUS powinien przekazywać informacje o płatnikach składek na ubezpieczenie zdrowotne.

Na podstawie art. 135 omawianej ustawy, a także zgodnie z rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 27 października 1998 r. w sprawie algorytmu wyrównania finansowego dokonywanego między Kasami Chorych oraz wysokości procentowej przewidywanych przychodów, które nie są uwzględnione w wyrównaniu (Dz.U. z 1998 r., Nr 134, poz. 874) - Branżowa Kasa Chorych dla Służb Mundurowych, podobnie jak wszystkie regionalne kasy chorych, jest zobowiązana do uczestniczenia w wyrównywaniu finansowym dokonywanym między kasami chorych, zgodnie z przyjętym planem finansowym.

ZUS będąc pośrednikiem w przekazywaniu składek na rzecz Branżowej Kasy Chorych dla Służb Mundurowych, potrąca koszty poboru i ewidencjonowania składek na ubezpieczenie zdrowotne w wysokości 0,5% kwoty składek przekazanych do Kasy Chorych (art. 26a wymienionej ustawy). Należy podkreślić, że zgodnie z art. 26 ust. 3 pkt 3, możliwe jest opłacanie i ewidencjonowanie bez pośrednika - bezpośrednio w Branżowej Kasie Chorych dla Służb Mundurowych - składki osób wymienionych w art. 8 w pkt 1 lit. a) i e) oraz w pkt 2-7 i 10, tzn. między innymi żołnierzy zawodowych, żołnierzy odbywający służbę okresową lub nadterminową zasadniczą służbę wojskową, policjantów, funkcjonariuszy Urzędu Ochrony Państwa, Straży Granicznej, Służby Więziennej, Państwowej Straży Pożarnej. Z punktu widzenia interesu Branżowej Kasy Chorych dla Służb Mundurowych wprowadzenie powyższej możliwości jest pożądane, głównie z uwagi na ograniczenie kosztów związanych z przekazywaniem składki, jednakże należy mieć na uwadze, że od 2000 roku Kasa ta stanie się instytucją ubezpieczenia zdrowotnego otwartą dla wszystkich osób spełniających warunki do objęcia ubezpieczeniem zdrowotnym.