Senat, po rozpatrzeniu uchwalonej przez Sejm na posiedzeniu w dniu 5 marca 1999 r. ustawy o zmianie ustawy o Instytucie Pamięci Narodowej - Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, ustawy o kombatantach oraz niektórych osobach będących ofiarami represji wojennych i okresu powojennego, ustawy o finansach publicznych oraz ustawy o emeryturach i rentach z Funduszu Ubezpieczeń Społecznych, wprowadza do jej tekstu następujące poprawki:

1. w art. 1 w pkt 1, w art. 3 wyrazy "jeżeli dokonywane one są przez władze państwowe albo przez nie inspirowane lub tolerowane" zastępuje się wyrazami "jeżeli były dokonywane przez funkcjonariuszy publicznych albo przez nich inspirowane lub tolerowane";
2. w art. 1 dodaje się pkt 1a w brzmieniu:
   "1a) w art. 4 :
   a) dodaje się nowy ust. 1 w brzmieniu:
   "1. Zbrodnie, o których mowa w art. 1 pkt 1 lit. a), stanowiące według prawa międzynarodowego zbrodnie przeciwko pokojowi, ludzkości lub zbrodnie wojenne, nie ulegają przedawnieniu.",
   b) dotychczasowy ust. 1 oznacza się jako ust. 1a w brzmieniu:
   "1a. Bieg terminu przedawnienia zbrodni komunistycznych, w rozumieniu art. 2, nie będących zbrodniami wojennymi lub zbrodniami przeciwko ludzkości, rozpoczyna się od dnia 1 stycznia 1990 r. Karalność tych zbrodni ustaje po 30 latach, gdy czyn stanowi zbrodnię zabójstwa oraz po 20 latach, gdy czyn stanowi inną zbrodnię komunistyczną. Przepisu art. 4 § 1 Kodeksu karnego nie stosuje się.";";
3. w art. 1 w pkt 4 w lit. a), w ust. 1 po wyrazach "3/5 głosów," dodaje się wyrazy "za zgodą Senatu,";
4. w art. 1 w pkt 4 skreśla się lit. b);
5. w art. 1 w pkt 5, ust. 2a otrzymuje brzmienie:
   "2a. Na stanowisko Prezesa Instytutu Pamięci nie może być powołana również osoba, co do której w archiwach podlegających przekazaniu do Instytutu Pamięci lub w innych archiwach państwowych znajduje się informacja o tym, że istnieją wobec niej przesłanki przewidziane w ust. 2.";
6. w art. 1 w pkt 5:
   a) w zdaniu wstępnym po wyrazach "ust. 2a" dodaje się wyrazy "i 2b",
   b) po ust. 2a dodaje się ust. 2b w brzmieniu:
   "2b. Na stanowisko Prezesa Instytutu Pamięci nie może być powołana również osoba, której działalność związana z dostępem do tajemnicy państwowej lub objęta tajemnicą państwową uniemożliwia szczegółowe przedstawienie informacji o przebiegu swojej służby, pracy lub współpracy.";
7. w art. 1 w pkt 8, w art. 15 w ust. 2 wyrazy "7 lat" zastępuje się wyrazami "9 lat";
8. w art. 1 w pkt 8, w art. 15 ust. 3 otrzymuje brzmienie:
   "3.W skład Kolegium Instytutu Pamięci wchodzi:
   1) 5 członków wybieranych przez Sejm,
   2) 4 członków wybieranych przez Senat,
   3) 2 członków wybieranych przez Sejm spośród kandydatów zgłoszonych przez Krajową Radę Sądownictwa.
   Członkowie Kolegium Instytutu Pamięci wybierani są bezwzględną większością głosów.";
9. w art. 1 w pkt 8, w art. 15 w ust. 4 w pkt 4 wyrazy "przez Sejm" zastępuje się wyrazami "odpowiednio przez Sejm lub Senat";
10. w art. 1 w pkt 8, w art. 15 w ust. 6 wyraz "Sejm" zastępuje się wyrazami "odpowiednio Sejm lub Senat";
11. w art. 1 dodaje się pkt 11a w brzmieniu:
    "11a) w art. 45 w ust. 2 dodaje się zdanie drugie w brzmieniu:
    "Jeżeli Kodeks postępowania karnego mówi o oskarżycielu publicznym lub prokuratorze, należy rozumieć przez to prokuratora Instytutu Pamięci także w sprawach, które podlegają orzecznictwu sądów wojskowych.";
12. w art. 2 w ust. 4 wyrazy "Inne organy prowadzące postępowania" zastępuje się wyrazami "Jednostki organizacyjne prokuratury prowadzące postępowania przygotowawcze";
13. w art. 3 w pkt 3, w art. 8 w ust. 1:
    a) zdanie wstępne otrzymuje brzmienie:
    "Prezes Rady Ministrów, na wniosek Kierownika Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych, określi, w drodze rozporządzenia:",
    b) w pkt 1 i 2 wyrazy "na podstawie opinii" zastępuje się wyrazami "po zasięgnięciu opinii";
14. dodaje się art. 6a w brzmieniu:
    "Art. 6a. Ilekroć w przepisach obowiązujących jest mowa o Głównej Komisji Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu - Instytucie Pamięci Narodowej rozumie się przez to Instytut Pamięci Narodowej - Komisję Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.";
15. w art. 7 po wyrazie "ogłoszenia" dodaje się wyrazy ", z wyjątkiem art. 3 pkt 3, art. 5 pkt 2 i art. 6, które wchodzą w życie po upływie 6 miesięcy od dnia ogłoszenia".

Sejm, dokonując zmiany art. 3 ustawy nowelizowanej, przyjął jego brzmienie identyczne z brzmieniem art. 2b ust. 2 uchylonej ustawy z 6 kwietnia 1984 r. o Głównej Komisji Badania Zbrodni Przeciwko Narodowi Polskiemu - Instytucie Pamięci Narodowej. W przyjętej tam definicji zbrodni przeciwko ludzkości, jako znamię tej zbrodni, wymienione jest dokonywanie prześladowań przez władze państwowe, podczas gdy w ustawie o Instytucie Pamięci Narodowej z 1998 r. mowa jest o dokonywaniu tych prześladowań przez funkcjonariuszy publicznych. To właśnie brzmienie postanowił utrzymać Senat, uznając je za bardziej precyzyjne, oparte na funkcjonującej w polskim prawie karnym definicji funkcjonariusza publicznego. Senat miał tu również na względzie fakt, iż pozostawienie określenia "władze państwowe" stworzy niespójność pomiędzy art. 3 a art. 2 ustawy nowelizowanej, w którym używa się określenia "funkcjonariusz".

Senat, powodowany przyjętą przez Sejm treścią definicji zbrodni przeciwko ludzkości zawartej w art. 3 ustawy nowelizowanej (art. 1 pkt 1 nowelizacji), uznał konieczność dokonania zmiany w art. 4 ustawy nowelizowanej. Brzmienie przepisu art. 3 odpowiadające treści art. 2b ust. 2 ustawy z 1984 r. zostało przyjęte z pominięciem ust. 1 art. 2b, zgodnie z którym nie ulegają przedawnieniu zbrodnie hitlerowskie, stalinowskie i inne przestępstwa stanowiące według prawa międzynarodowego zbrodnie wojenne lub zbrodnie przeciwko ludzkości (w ustawie o Instytucie z 1998 r. w związku z rozszerzeniem zakresu przedmiotowego ustawy są to zbrodnie nazistowskie, komunistyczne oraz przestępstwa stanowiące zbrodnie przeciwko pokojowi, ludzkości lub zbrodnie wojenne). Z tego względu Senat wprowadził poprawkę do art. 4 ustawy nowelizowanej dodającą nowy ust. 1.

W związku z tym, że niektóre zbrodnie komunistyczne nie stanowią zbrodni przeciwko ludzkości, a przepis art. 4 ust. 1 stanowi, od kiedy zaczyna biec termin przedawnienia zbrodni komunistycznych, nie będących zbrodniami wojennymi lub zbrodniami przeciwko ludzkości, pojawia się wątpliwość, z upływem jakiego terminu przedawniają się te właśnie zbrodnie. Senat rozstrzygnął tą wątpliwość poprzez określenie terminu przedawnienia w dodawanym w art. 4 ust. 1a zdaniu drugim.

Senat postanowił wprowadzić dodatkowy przepis określający przesłanki, których zaistnienie wyłącza możliwość powołania na stanowisko Prezesa Instytutu Pamięci (druga poprawka dotycząca tej materii jest zmienioną wersją przyjętej przez Sejm poprawki do art. 11 ust. 2a). Izba kierowała się w tym wypadku potrzebą wprowadzenia do ustawy możliwości dokładnego sprawdzenia kandydata na stanowisko Prezesa Instytutu z punktu widzenia jego pracy, współpracy lub służby w organach bezpieczeństwa państwa, także na podstawie dokumentów znajdujących się w archiwach podlegających przekazaniu do Instytutu oraz innych archiwach państwowych.

Wyrażając wolę pozostawienia uprawnienia Senatu do wyrażania zgody na powołanie i odwołanie Prezesa Instytutu, Senat postanowił także zmienić zasady i tryb wyboru członków Kolegium Instytutu Pamięci. W tym celu wprowadził rozwiązanie zobowiązujące Sejm do wyboru 2 członków spośród kandydatów zgłoszonych przez Krajową Radę Sądownictwa (w ustawie uchwalonej przez Sejm jest tylko przepis dający Krajowej Radzie Sądownictwa uprawnienie do zgłoszenia 2 kandydatów) oraz uprawniające Senat, jako Izbę wyrażającą zgodę na powołanie i odwołanie Prezesa, do wyboru także 4 członków Kolegium.