Omawiając rolę Senatu czeskiego w sprawach związanych z Unią Europejską należy wyróżnić dwa etapy: przed i po wejściu Republiki Czeskiej do UE.

Przygotowania do drugiego etapu rozpoczęto w 2000 r. opracowując tzw. europoprawkę do konstytucji, która wprowadziła nowy artykuł 10b. Zgodnie z nim, rząd ma obowiązek regularnie i z wyprzedzeniem informować parlament w sprawach, związanych z członkostwem Republiki Czeskiej w UE. Obie izby mają prawo do formułowania stanowisk w trakcie podejmowania decyzji na szczeblu UE. Konstytucja przewiduje również możliwość powołania wspólnej Komisji Europejskiej obu izb, która wypowiadałaby się w imieniu całego parlamentu.

Równolegle z pracami ustawodawczymi, dotyczącymi powyższych zmian w konstytucji, przedstawiciel Senatu i jego zastępca uczestniczyli w pracach Konwentu Europejskiego. Senat rozpatrzył 22 z przygotowanych przez nich raportów, przyjął uchwały w sprawie podziału kompetencji w UE oraz roli parlamentów narodowych, zainicjował działalność Krajowego Forum w sprawie przyszłości Europy oraz zapoznał się z szeregiem raportów rządowych na temat stanowisk rządu podczas Konferencji Międzyrządowej.

Na wiosnę 2004 r. wprowadzono mocą ustawy zmiany w regulaminach obu izb, dotyczące (nieco odmiennego w każdej izbie) zakresu informowania parlamentu przez rząd oraz przebiegu prac nad dokumentami europejskimi. W Senacie problematyką europejską będą zajmować się dwie komisje: Komisja do Spraw Unii Europejskiej będzie odpowiedzialna za pierwszy filar, natomiast Komisja Spraw Zagranicznych, Obrony i Bezpieczeństwa - za drugi filar.

Różnice w procedurach legislacyjnych w obu filarach zostały uwzględnione w regulaminie izby; Senat sam decyduje o zakresie kompetencji danej komisji. Główna różnica między filarami dotyczy stosowania tzw. zastrzeżenia parlamentarnego (paliamentary reserve) wobec przedłożonych aktów legislacyjnych (zasadniczo w obrębie pierwszego filaru): jeżeli Senat decyduje się rozpatrzyć dany akt, ma na przygotowanie stanowiska 35 dni od momentu przekazania mu przez rząd projektu i rząd jest zobowiązany respektować ten termin.

W świetle konstytucji Senat jest słabszą izbą czeskiego parlamentu jeśli chodzi o relacje z rządem oraz miejsce w procesie legislacyjnym. Nie dotyczy to jednak w równym stopniu wszystkich jego kompetencji, w tym również w sprawach europejskich. Artykuł 10b konstytucji nie wprowadza żadnego rozróżnienia między izbami: obie izby są informowane i obie mogą zwracać się do rządu. Jest jednak rzeczą oczywistą, że w przypadku gdy izby prezentują sprzeczne stanowiska w danej sprawie, rząd może przychylić się do stanowiska Izby Poselskiej.

Właśnie owa możliwość podziału pracy byłą jedną z przyczyn, dla której nie powołano wspólnej komisji europejskiej obu izb. Wymienić tu jeszcze można potrzebę osiągnięcia porozumienia w sprawie składu takiej komisji i trybu podejmowania przez nią decyzji. Senatorowie (81) nie chcieli utracić równoprawnej pozycji w sprawach europejskich i chcieli zabezpieczyć się przed groźbą przegłosowania przez 200 posłów. Rząd wprawdzie poparł ideę wspólnej komisji, ale uczynił to dopiero przy rozpatrywaniu nowelizacji regulaminów.

Dzięki zmianie w regulaminie Senat, dysponując pełną wiedzą, może ustosunkować się do różnych ustaw europejskich, na których kształt może mieć wpływ rząd. I właśnie do władzy wykonawczej, jako jednego z uczestników procesu legislacyjnego na szczeblu europejskim (w wielu dziedzinach działa ona zamiast parlamentu) Senat adresuje swoje stanowiska i zalecenia. Poza tym, Senat może zażądać informacji na temat poczynań rządu w sytuacji, gdy ten nie zastosował się do senackich zaleceń. O tzw. zastrzeżeniu parlamentarnym, zgodnie z którym rząd nie może głosować w Radzie UE dopóki Senat nie wyrazi swojego stanowiska, była mowa już w punkcie 1.

Kilka lat temu rozważano kwestię, czy Senat powinien być konsultowany w sprawie kandydatur do instytucji UE, ale senatorowie zrezygnowali z takiej możliwości. Natomiast Izba Poselska zastrzegła sobie prawo do uczestnictwa w takich niewiążących konsultacjach. Nic oczywiście nie stoi na przeszkodzie, by rząd informował Senat o swoich zamiarach.

Jeżeli chodzi o przeniesienie dyrektyw europejskich do prawa krajowego, to z formalnego punktu widzenia proces legislacyjny nie ulegnie zmianie. Jednakże Komisja do Spraw Unii Europejskiej, która będzie zajmować się prawem europejskim w trakcie jego powstawania, nie będzie już gwarantem zgodności projektów ustaw z prawem europejskim w Senacie. Komisje merytoryczne będą czuwać nad zgodnością prawa krajowego z prawem europejskim w granicach swoich kompetencji. Rząd jest zobowiązany do przedłożenia Senatowi co najmniej raz w roku raportu na temat stanu wdrożenia prawa UE, co powinno rozwiązać problem zapóźnienia Czech w tej dziedzinie.

W ciągu ostatnich kilku lat Senat nawiązał szereg kontaktów dwustronnych z obecnymi i przyszłymi członkami UE. Uczestniczy również w działalności organizacji międzyparlamentarnych, jego przedstawiciele biorą udział w międzynarodowych konferencjach parlamentarnych. Z punktu widzenia działalności w obrębie UE duże znaczenie mają Konferencja Przewodniczących Parlamentów, COSAC oraz Stowarzyszenie Senatów Europejskich. Organizacje te mogłyby stać się miejscem stałej wymiany informacji, która jest jednym z warunków sprawnego funkcjonowania mechanizmu kontroli nad przestrzeganiem zasad pomocniczości i proporcjonalności.

Obecnie za wcześnie jest jeszcze na ocenę przyjętego przez Republikę Czeską modelu funkcjonowania Senatu w sprawach związanych z UE. Przewiduje się, że po upływie ok. roku będzie sporządzona ocena działalności obu izb i w razie potrzeby rozważy się powołanie wspólnej komisji europejskiej. Jednocześnie będzie można usunąć istotne wady i ustosunkować się do ostatecznej wersji Traktatu Konstytucyjnego (szczególnie do kwestii występowania przez parlamenty narodowe do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości).